Tumbuhan biji dibedakan menjadi dua bagian yaitu tumbuhan biji terbuka gymnospermae dan tumbuhan biji tertutup angiospermae di bawah ini merupakan ciri khas tumbuhan berbiji adalah

Tumbuhan berbiji merupakan heterospora. Tumbuhan berbiji membetuk struktur megasporangia dan mikrosporangia yang berkumpul pada suatu sumbuh pendek. Misalnya struktur seperti konus atau strobilus pada konifer dan bunga pada tumbuhan berbunga. Seperti halnya pada tumbuhan lain, spora pada tumbuhan berbiji dihasilkan melalui meiosis di dalam sporangia. Akan tetapi, pada tumbuhan berbiji, megaspora tidak dilepaskan melainkan dipertahankan. Megasporangia mendukung perkembangan gametofit betina dan menyediakan makanan serta air. Gametofit betina akan tetap berada dalam sporangium, menjadi matang dan memlihara generasi sporofit berikutnya setelah terjadi pembuahan. Pada mikrosporangium, produk meiosis berupa mikrospora. Mikrospora yang mencapai sporofit akan berkecambah membentuk serbuk sari yang tumbuh menuju kearah bakal biji untuk membuahi gametofit betina. Pada tumbuhan berbiji, istilah mikrospora merupakan serbuk sari, mikrosporangium merupakan kantung serbuk sari, dan mikrosporofil merupakan benagsari. Istilah megaspora merupakan kandung lembaga (kantung embrio), megasporangium merupakan bakal biji, dan megasporofil merupakan daun buah (karpela).