Salah satu kasus pelanggaran HAM berat di Indonesia adalahadalah

Kasus Tanjung Priok

Dalam kasus Tanjung Priok, diperkirakan tidak kurang 24 orang meninggal dunia dan 79 orang lukaluka. Kasus ini terjadi pada 12 September 1984. Menurut Komnas HAM dalam peristiwa Tanjung Priok telah terjadi, antara lain:

a. pembunuhan secara kilat (summary killing);
b. penangkapan dan penahanan secara sewenangwenang;
c. penyiksaan;
d. penghilangan secara paksa.

Peristiwa Trisakti, Semanggi I, dan Semanggi II
Dalam peristiwa ini diduga telah terjadi pelanggaran HAM berat yakni peristiwa penembakan sejumlah mahasiswa yang melakukan demonstrasi di awal masa reformasi. DPR RI telah merekomendasikan agar kasus Trisakti dan Semanggi ditindaklanjuti dengan Pengadilan Umum dan Pengadilan Militer.
Komnas HAM kemudian membentuk KPP HAM Trisakti, Semanggi I, dan Semanggi II. Hal ini dituangkan dalam SK No. 034/Komnas HAM/VII/2001 tanggal 27 Agustus 2001. Namun sampai saat ini, peristiwa Trisakti, Semanggi I, dan Semanggi II belum dapat diselesaikan dalam Peng adilan HAM Ad Hoc.