Daerah persebaran fauna endemik adalah
Indonesia merupakan negara dengan tingkat endemik (endemisme) yang tinggi. Diperkirakan Indonesiamempunyai lebih 165 jenis mamalia endemik, 397 jenis burung yang endemik Indonesia, lebih dari 150 reptilia, dan lebih dari 100 spesies ampibi yang tercatat endemik di Indonesia.
Beberapa fauna (binatang) endemik yang terdapat di Indonesia antara lain:
Anoa dataran rendah (Bubalus depressicornis) di Sulawesi
Anoa Pegunungan (Bubalus quarlesi) endemik Sulawesi
Babirusa (Babyrousa babyrussa) di Sulawesi
Badak bercula satu atau badak jawa (Rhinoceros sondaicus) di Jawa
Badak Sumatra (Dicerorhinus sumatrensis) endemik di Sumatera
Bajing palawan (Sundasciurus juvencus) Bali dan Sumatera
Bajing tanah (Lariscus hosei) endemik pulau Kalimantan
Bajing telinga botol (Callosciurrus adamsi) endemik Kalimantan
Banteng (Bos javanicus) di Jawa
Bekantan atau Kera hidung panjang (Nasalis larvatus) endemik Kalimantan
Beruk mentawai (Macaca pagensis) endemik Kepulauan Mentawai
Burung Anis sulawesi (Cataponera turdoides) di Sulawesi
Burung beo nias (Gracula religiosa robusta) endemik pulau Nias
Burung elang flores (Spizaetus floris) endemik Flores
Burung elang jawa (Spizaetus bartelsi) di Jawa
Burung cenderawasih (Paradisea sp.) di Papua
Burung Celepuk siau (Otus siaoensis) pulau Siau, Sulawesi Utara
Burung Cerek Jawa (Charadrius javanicus) di Jawa
Burung maleo (Macrocephalon maleo) di Sulawesi
Burung rangkong (Buceros rhinoceros) di Kalimantan
Burung Sempidan Kalimantan (Lophura bulweri) di Kalimantan
Burung Trulek Jawa (Vanellus macropterus) pulau Jawa
Harimau Sumatera (Panthera tigris sumatrae) di Sumatera
Hiu karpet berbintik (Hemiscyllium freycineti) endemik Papua
Ikan arwana emas (Scleropages formosus) endemik pulau Sumatera
Jalak bali (Leucopsar rothschild) di Bali
Kadal coklat Kalimantan (Lanthanotus borneensis) di Kalimantan
Kambing Hutan Sumatera (Capricornis sumatraensis sumatraensis) di Sumatera
Kancil Jawa (Tragulus javanicus) endemik Jawa
Kanguru Pohon Mantel Emas (Dendrolagus pulcherrimus) di Papua
Kasuari Gelambir Tunggal (Casuarius unappendiculatus) di Papua
Kasuari Kerdil (Casuarius bennetti) endemik Papua
Katak tanpa paru-paru (Barbourula kalimantanensis) Kalimantan
Kelelawar berjenggot coklat dan ekor selubung (Taphozous achates) di Nusa Penida
Kelinci belang sumatera (Nesolagus netscheri) endemik Sumatera
Kera belanda (Nasalis larvatus) di Kalimantan
Kera hitam sulawesi (Macaca nigra) endemik Sulawesi Utara
Kodok Darah (Leptophryne cruentata) endemik Jawa Barat
Kodok Pohon Ungaran (Philautus jacobsoni) endemik Jawa Tengah
Komodo (Varanus komodoensis) di Nusa Tenggara Timur (P. Komodo)
Dikawasan Wallace meliputi Pulau Sulawesi,Nusa Tenggara,dan Kepulauan Maluku.