Berdasarkan cara reproduksi dan struktur tubuhnya jamur di klasifikasikan

1. Ascomycota.
Kebanyakan aggota divisi ascomycota hidup sebagai parasit pada organisme, & ada yang bersimbiosis dengan alga biru maupun alga hijau bersel satu membentuk lichenes.
Ascomycota memiliki hifa bersekat & berinti banyak serta bisa menghasilkan spora s3ksual yang disebut askospora yang terbentuk di dalam askus & tidak berflagela.

Ascomycota berkembang biak secara s3ksual dengan cara membentuk askospora di dalam askus. Askus berkumpul membentuk tubuh buah yang disebut askokarp.

Ascomycota bersel satu melakukan reproduksi as3ksualnya dengan membentuk tunas yang disebut blastospora, dimana pada umur muda menempel pada inang & setelah dewasa melepaskan diri. Adapun pada Ascomycota bersel banyak melakukan reproduksi as3ksualnya dengan membentuk konidia/konidiospora. Konidia terbentuk pada ujung hifa yang disebut konidiofor.

Berdasarkan macam2 bentuk askokarpnya, Ascomycota dibagi menjadi tiga kelas sebagai berikut:
Hemiascomycetes. Jenis jamur yang tidak membentuk askokarp & tidak memiliki hifa dengan tubuh bertunas dari sel bulat/oval yang dapat bertunas sehingga terbentuk rantai sel/hifa semu, misalnya Saccharomyces sp.
Plectomycetes. Kelompok jamur yang memiliki askokarp berbentuk bulat tertutup (bola) yang disebut kleistotesium, misalnya Aspergillus sp & Penicillium sp.
Pyrenomycetes, anggota jamur yang memiliki askokarp dengan bentuk khusus yang dilengkapi dengan ostiolum (lubang untuk melepas askup & askospora). Misalnya Neurospora sitophila.

2. Deuteromycota.
Jamur pada divisi ini disebut juga jamur tidak sempurna (fungsi impefecti) karena belum diketahui perkembangbiakan generatifnya.
Deuteromycota hidup sebagai parasit pada tanaman tingkat tinggi/sebagai saprofit diberbagai materi organik. Duteromycota mempunyai hifa bersekat dengan sel terbuat dari kitin.
Jamur jenis ini berkembang biak dengan cara aseksual (vegetatif) dengan membentuk konidia/menghasilkan hifa khusus yang disebut konidium, sedang pada perkembang biakan secara s3ksual (generatif)

Contoh jamur deuteromycota antara lain adalah Chaladosporium, Curvularia, Epidermophyton floocosum, Gleosporium, Helminthosporium oryzae, Microsporium, Monilia sitophila, & Verticillium alboatrum.

3. Basidomycota.
Basidomycota termasuk kelompok jamur yang memiliki tingkat perkembangan yang tinggi jika dibandingkan dengan kelompok jamur lainnya. Jamur ini memiliki sifat makroskopis dengan tubuh buah yang besar (mudah dilihat dengan mata t3lanj4ng).
Hifanya bersekat dengan sambungan apit (clamp connection). Tubuhnya bersel banyak (multiseluler). Miselliumnya memasuki ujung/seluruh substrat.
Jamur basidomycota berkembang biak secara as3ksual & s3ksual. Secara s3ksual dengan cara konjugasi/dengan basidiospora yang dibentuk dalam basidium, sedang secara as3ksual dengan membentuk tunas, konidia, & fregmentasi misellium.

Jamur yang termasuk dalam devisi ini diantaranya adalah jamur merang (volvariella volvaracea), jamur api (puccinia graminis), jamur champignon (agaricus bisporus), jarum tiram (pleurotes), supa mayang (clavaria zippelli), jamur karat (ustilago rirent), jamur kuping (auricularia polytricha).

4. Zygomycota.
Biasanya anggota divisi zygomycota hidup sebagai saprofit pada nasi, roti, & bahan makanan lainnya, & ada yang hidup sebagai parasit. Divisi ini memiliki dinding sel yang mengandung kitin dengan hifa tak bersekat (hifa soenositik) & miseliumnya bercabang banyak.

Zygomycota berkembang biak secara s3ksual (generatif) & secara as3ksual (vegetatif).
Secara s3ksual dengan cara konjugasi antara hifa (+) & hifa (-) & dihasilkan spora. Sedangkan secara as3ksual terjadi dengan membentuk spora di dalam sporangium yang terletak di ujung hifa. Selanjutnya..spora pecah mengeluarkan miselium untuk membentuk individu baru, misal jamur spesies ini adalah Mucos, Pliobolus, & Rhizopus sp.