Dampak negatif penggunaan bibit unggul

1. Mempersempit lapangan pekerjaan bagi buruh tani.
2. Mengabaikan atau malah menghilangkan plasma nutfak dari varietas asli
yang tidak berproduksi tinggi tetapi mempunyai keunggukan lain, misal
keunggulan pada perakaran yang lebih kuat menahan erosi.
3. Untuk berproduksi tinggi, bibit unggul bersifat responsif terhadap
unsur hara dalam tanah, oleh karena itu ketersediaan hara tanah akan
semakin tipis ketersediaannya.
Dan biasanya petani akan menambah ketersediaan hara tanah dengan pupuk
unorganik / pupuk kimia, karena pupuk ini lebih cepet tersedia bagi
tanaman (bibit unggul) dibanding pupuk organik.. Ini secara pelan tapi
pasti, akan merusak struktur maupun kimia tanah yang akhirnya tanah
menjadi tidak layak untuk tanah pertanian
4. Bibit unggul di produksi oleh pihak yang memounyai kekuatan finansial
dan jaringan relasi yang kuat, dan mereka relatif tak menghendaki
adanya persaingan dalam bisnisnya, sehingga secara langsung maupun
tidak, akan mematikan kreatifitas petani atau "ilmuwan lokal" dalam
bereksperimen menemukan bibit yang lebih unggul sesuai daerahnya..
5. Akan merangsang timbulnya hama / penyakit tanaman yang tahan terhadap metode pengendalian hama / penyakit yang ada saat ini.