Indonesia dengan malaysia melakukan kerjasama dalam bidang politik yaitu

Beberapa kali mengalami pasang surut. Pada tahun 1963, terjadi konfrontasiantara Indonesia dan Malaysia. Perang ini berawal dari keinginan Malaysia untuk menggabungkan Brunei, Sabah dan Sarawak dengan Persekutuan Tanah Melayu pada tahun 1961 (

 Lihat: Konfrontasi Indonesia-Malaysia

)

. Hubungan antaraIndonesia dan Malaysia juga sempat memburuk pada tahun 2002 ketika kepulauanSipadan dan Ligitan di klaim oleh Malaysia sebagai wilayah mereka, dan berdasarkan keputusan Mahkamah Internasional (MI

)

di Den Haag, Belanda bahwaSipadan dan Ligitan merupakan wilayah Malaysia. Sipadan dan Ligitan merupakan pulau kecil di perairan dekat kawasan pantai negara bagian Sabah dan ProvinsiKalimantan Timur, yang diklaim dua negara sehingga menimbulkan persengkataanyang berlangsung selama lebih dari tiga dekade. Sipadan dan Ligitan menjadiganjalan kecil dalam hubungan sejak tahun 1969 ketika kedua negara mengajukanklaim atas kedua pulau itu. Kedua negara tahun 1997 sepakat untuk menyelesaikansengketa wilayah itu di MI setelah gagal melakukan negosiasi bilateral. Kedua belah pihak menandatangani kesepakatan pada Mei 1997 untuk menyerahkan persengkataan itu kepada MI. MI diserahkan tanggung jawab untuk menyelesaikansengketa dengan jiwa kemitraan. Kedua belah pihak juga sepakat untuk menerimakeputusan pengadilan sebagai penyelesaian akhir sengketa tersebut. Selain itu, pada2005 terjadi sengketa mengenai batas wilayah dan kepemilikan Ambalat.Selain itu pula. Pada Oktober 2007 terjadi konflik akan lagu Rasa Sayang-Sayange dikarenakanlagu ini digunakan oleh departemen Pariwisata Malaysia untuk mempromosikankepariwisataan Malaysia, yang dirilis sekitar Oktober 2007. Sementara MenteriPariwisata Malaysia Adnan Tengku Mansor mengatakan bahwa lagu Rasa Sayangemerupakan lagu Kepulauan Nusantara (Malay archipelago

)

, Gubernur Maluku KarelAlbert Ralahalu bersikeras lagu "Rasa Sayange" adalah milik Indonesia, karenamerupakan lagu rakyat yang telah membudaya di provinsi ini sejak leluhur, sehinggaklaim Malaysia itu hanya mengada-ada. Gubernur berusaha untuk mengumpulkan bukti otentik bahwa lagu Rasa Sayange merupakan lagu rakyat Maluku, dan setelah bukti tersebut terkumpul, akan diberikan kepada Menteri Kebudayaan danPariwisata. Menteri Pariwisata Malaysia Adnan Tengku Mansor menyatakan bahwarakyat Indonesia tidak bisa membuktikan bahwa lagu Rasa Sayange merupakan lagurakyat Indonesia.