Klasifikasi yang didasarkan atas hubungan kekerabatan antar takson serta perbedaan atau persamaan sifat morfologi anatomi disebut​

Sistem Klasifikasi Alami

Sistem klasifikasi yang pertama adalah sistem klasifikasi alami. Sistem ini mengelompokkan organisme berdasarkan sifat-sifat morfologi atau bentuk fisiknya. Sistem klasifikasi alami pertama kali dikemukakan oleh Aristoteles.

Saat itu, Aristoteles mengelompokkan makhluk hidup ke dalam 2 kelompok, yaitu hewan dan tumbuhan. Contoh pengelompokan menggunakan klasifikasi ini adalah membagi tumbuhan menjadi herba, perdu, dan pohon. Selain itu, cecak, katak, kadal, dan kambing dikelompokkan menjadi hewan berkaki empat.

Sistem Klasifikasi Buatan

Sistem klasifikasi buatan atau artifisial adalah sistem klasifikasi yang dibuat untuk tujuan praktis, misalnya mengelompokkan makhluk hidup berdasarkan kegunaannya. Sistem ini pertama kali dikenalkan oleh Carolus Linnaeus.

Contohnya adalah sistem ini mengelompokkan jahe, kina, kayu putih, dan ginseng ke dalam tanaman obat. Tanaman seperti mawar, melati, dan anggrek dikelompokkan ke dalam tanaman hias.

Sistem Klasifikasi Filogenetik

Sistem klasifikasi yang terakhir adalah sistem klasifikasi filogenetik. Sistem klasifikasi ini didasarkan pada hubungan kekerabatan antarorganisme berdasarkan proses evolusinya. Sistem klasifikasi filogenetik diperkenalkan sejak munculnya teori evolusi Lamarck dan Darwin. Hubungan kekerabatan organisme digambarkan melalui pohon filogenetik.