Konflik vertikal terjadi karena

1) Krisis pemerintahan nasional, baik karena persoalan suksesi maupun jatuh bangunnya pemerintahan karena lemahnya konstitusi.
2) Kegagalan lembaga-lembaga negara menengahi konflik, baik yang melibatkan unsur-unsurr masyarakat maupun lembaga-lembaga negara.
3) Pembatasan partisipasi politik warga negara di daerah-daerah.
4) Ketidakadilan distribusi sumber daya ekonomi nasional dan sulitnya akses masyarakat di daerah terhadap sumber daya tersebut.
5) Rezim yang tidak responsif terhadap tuntutan warga negara dan tidak bertanggungjawab terhadap rakyatnya.