Pada tanggal 5 juli 1959 sampai 11 maret 1966 era demokrasi terpimpin terjadi penyimpangan

1. Lembaga-lembaga negara mempunya inti Nasionalisme Agama Komunis (Nasakom)

2. Prosedur pembentukan MPRS, karena anggota MPRS diangkat oleh presiden. Seharusnya dipilih melalui pemilu.

3. Prosedur pembentukan DPAS, karena lembaga ini anggotanya ditunjuk oleh presiden dan diketuai oleh presiden. Padahal tugas DPAS adalah memberi jawaban atas pertanyaan presiden dan memberi usulan kepada pemerintah.

4. Prosedur pembentukan DPRGR, karena anggota DPRGR ditunjuk oleh presiden dan DPR hasil pemilu 1955 justru dibubarkan oleh presiden. Padahal kedudukan DPR dan presiden adalah seimbang. Presiden tidak dapat membubarkan DPR, sebaliknya DPR tidak dapat memberhentikan presiden.

5. Penetapan Manifesto Politik Republik Indonesia sebagai GBHN. Seharusnya GBHN disusun dan ditetapkan oleh MPR.

6. Pengangkatan presiden seumur hidup, karena tidak ada aturan tentang jabatan presiden seumur hidup. Menurut pasal 7 UUD 1945 (sebelum diamandemen), presiden memegang jabatan selama lima tahun dan sesudahnya boleh dipilih kembali.

7. Sidang MPRS dilaksanakan di luar ibu kota negara yaitu di kota Bandung.